Insbesondere, wenn mehrere Entwickler an einem Entwicklungsprojekt beteiligt sind oder im Zusammenhang mit Archivierung und Bug-Tracking kann ein System für die Verwaltung der Software-Versionen und Änderungen von Nutzen sein. Dazu werden Quellcode-Versionen in einem Archiv mit Zeitstempel und Benutzerkennung gesichert. Versionen für ein Projekt-Release sind mit einem gemeinsamne Tag versehen.
Am bekanntesten sind die drei Systeme CVS (Concurrent Version System), SVN (Subversion) und GIT (englisch für 'Blödmann'). Bei CVS wird ein Projekt als Sammlung von Dateien betrachtet, von denen jede für sich eine eigene Historie hat. Bei SVN hingegen bezieht sich das Versionsschema nicht auf einzelne Dateien sondern auf ein ganzes Projektarchiv. GIT ist ist im Gegensatz zu SVN und CSV ein verteiltes Versionsverwaltungssystem und wurde (wie Linux) von Linus Torvalds initiiert.
Die Einbindung der Versionierung von Quellcodes findet man zum Beispiel bei der Eclipse-IDE in Form von Plugins (z.B. Subversive). Noch einfacher geht es mit Tortoise-CVS, Tortoise-SVN bzw. Tortoise-GIT.